Заболеваемость малярией выражается как количество новых случаев малярии на 100 000 человек каждый год. Число случаев корректируются для того, чтобы учесть недочет в системах отчетности, в количестве пациентов, обращающихся за лечением в частный сектор или занимающихся самолечением или не обращающихся к помощи врачей, и в потенциальной гипердиагностике через отсутствие лабораторного подтверждения случаев.
| 2000 | 2005 | 2010 | 2011 | 2012 | 2013 | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 | 2023 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Бурунди | 416,9 | 285,4 | 169,9 | 163,7 | 163,9 | 170,8 | 179,5 | 198,9 | 231,7 | 248,7 | 286,3 | 293,1 | 308,4 | 296,8 | 267,6 | 245,1 |
| Кения | 220,9 | 139,9 | 66,5 | 68,7 | 70,6 | 72,1 | 71,6 | 69,4 | 64,8 | 64,1 | 61,2 | 58,7 | 61,9 | 63,7 | 62,1 | 59,5 |
| Руанда | 183,3 | 152,0 | 104,7 | 36,9 | 59,7 | 109,5 | 202,3 | 308,0 | 410,1 | 711,4 | 477,6 | 385,4 | 213,1 | 118,7 | 85,6 | 53,6 |
| Южный Судан | 350,3 | 312,5 | 282,2 | 287,0 | 282,2 | 278,4 | 271,3 | 268,7 | 264,9 | 276,6 | 278,9 | 296,9 | 287,9 | 275,3 | 257,8 | 253,2 |
| Танзания | 337,7 | 252,5 | 145,6 | 133,0 | 121,4 | 131,4 | 145,4 | 141,2 | 133,9 | 122,9 | 110,7 | 114,4 | 121,3 | 131,7 | 131,5 | 128,4 |
| Уганда | 487,6 | 433,4 | 408,8 | 394,0 | 375,9 | 331,8 | 293,8 | 253,2 | 282,8 | 294,5 | 262,4 | 262,4 | 283,5 | 262,6 | 267,4 | 258,4 |