Заболеваемость малярией выражается как количество новых случаев малярии на 100 000 человек каждый год. Число случаев корректируются для того, чтобы учесть недочет в системах отчетности, в количестве пациентов, обращающихся за лечением в частный сектор или занимающихся самолечением или не обращающихся к помощи врачей, и в потенциальной гипердиагностике через отсутствие лабораторного подтверждения случаев.
| 2000 | 2005 | 2010 | 2011 | 2012 | 2013 | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 | 2023 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Джибути | 3,1 | 3,1 | 1,5 | 3,1 | 3,1 | 2,3 | 12,6 | 12,4 | 17,8 | 18,7 | 30,9 | 60,5 | 88,7 | 70,1 | 47,7 | 45,0 |
| Египет | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 | 0,0 |
| Бурунди | 416,9 | 285,4 | 169,9 | 163,7 | 163,9 | 170,8 | 179,5 | 198,9 | 231,7 | 248,7 | 286,3 | 293,1 | 308,4 | 296,8 | 267,6 | 245,1 |
| Коморские острова | 66,4 | 60,1 | 55,8 | 37,2 | 73,1 | 76,4 | 3,1 | 2,6 | 2,0 | 5,2 | 19,7 | 22,4 | 5,7 | 12,9 | 24,8 | 24,8 |
| Демократическая Республика Конго | 459,3 | 469,3 | 381,7 | 359,7 | 333,9 | 308,3 | 295,2 | 300,7 | 308,6 | 323,7 | 338,7 | 337,6 | 333,9 | 329,4 | 317,3 | 313,3 |
| Эритрея | 19,0 | 10,4 | 28,3 | 25,6 | 17,3 | 16,0 | 35,4 | 20,6 | 27,7 | 36,8 | 31,2 | 61,8 | 48,3 | 27,7 | 40,9 | 63,4 |
| Эфиопия | 196,1 | 150,2 | 154,1 | 144,0 | 160,0 | 184,8 | 145,7 | 131,7 | 93,7 | 71,2 | 36,5 | 33,6 | 52,3 | 45,6 | 59,9 | 109,2 |
| Кения | 220,9 | 139,9 | 66,5 | 68,7 | 70,6 | 72,1 | 71,6 | 69,4 | 64,8 | 64,1 | 61,2 | 58,7 | 61,9 | 63,7 | 62,1 | 59,5 |
| Мадагаскар | 54,9 | 34,6 | 44,5 | 37,1 | 70,8 | 63,7 | 49,8 | 107,0 | 63,4 | 77,2 | 71,9 | 71,7 | 138,7 | 166,3 | 117,1 | 200,0 |
| Малави | 451,9 | 371,1 | 382,3 | 369,3 | 324,5 | 288,3 | 259,6 | 239,0 | 224,8 | 219,7 | 211,0 | 201,7 | 218,8 | 220,7 | 226,8 | 227,9 |
| Руанда | 183,3 | 152,0 | 104,7 | 36,9 | 59,7 | 109,5 | 202,3 | 308,0 | 410,1 | 711,4 | 477,6 | 385,4 | 213,1 | 118,7 | 85,6 | 53,6 |
| Сомали | 131,2 | 130,8 | 40,3 | 33,3 | 34,2 | 41,1 | 49,5 | 58,0 | 57,8 | 54,6 | 60,0 | 60,2 | 55,7 | 64,5 | 58,3 | 58,9 |
| Судан | 87,7 | 51,6 | 31,2 | 31,0 | 31,5 | 33,3 | 36,8 | 40,3 | 50,8 | 51,2 | 56,2 | 62,3 | 69,7 | 69,2 | 68,1 | 68,1 |
| Eswatini | 2,7 | 0,9 | 0,9 | 1,2 | 1,3 | 2,3 | 1,2 | 1,0 | 0,8 | 1,4 | 2,1 | 0,8 | 0,7 | 1,5 | 0,6 | 1,7 |
| Уганда | 487,6 | 433,4 | 408,8 | 394,0 | 375,9 | 331,8 | 293,8 | 253,2 | 282,8 | 294,5 | 262,4 | 262,4 | 283,5 | 262,6 | 267,4 | 258,4 |
| Замбия | 360,7 | 260,4 | 167,7 | 178,6 | 199,6 | 227,4 | 232,7 | 218,9 | 204,0 | 188,0 | 186,5 | 182,1 | 179,5 | 180,3 | 179,1 | 176,7 |
| Зимбабве | 102,6 | 102,6 | 104,4 | 67,5 | 54,5 | 78,3 | 97,7 | 94,1 | 66,2 | 114,7 | 56,0 | 65,1 | 94,3 | 27,5 | 28,9 | 49,4 |